آیت الله سیدمحمد بادکوبه ای در دروس فقه و اصول، درس های حوزوی و علمی بسیار متبحر بود تا جایی که “سید محمدهادی حسینی میلانی” از مراجع تقلید شیعه درباره ایشان می گوید: اگر “سیدمحمد” خود را وقف مردم شمال نمی کرد و به قم می آمد، از استوانه های علمی و بزرگترین مراجع جهان تشیع محسوب می شد.
