امام خامنه‌ای درگذشت مرحوم آیت الله محمدی گیلانی را تسلیت گفتند و فرمودند: همراهی و وفاداری نسبت به امام بزرگوار از آغازین روزهای نهضت و پایداری صمیمانه در کنار ایشان، خصوصیّت فراموش نشدنی عالم مجاهد آیت‌الله محمّدی‌گیلانی است.