اگرچه مدت مدیدی است سامانه حقوق راه‌اندازی شده و دستگاه‌ها ملزم به ارائه اطلاعات هستند اما علاوه بر عدم ارائه اطلاعات،حال بین دو دستگاه برای قبول مسئولیت سامانه اختلاف پیش آمده است.
کمیسیون تلفیق مجلس در جریان بررسی لایحه بودجه ۹۸، مصوبات مهمی درباره افزایش وام ازدواج،افزایش سقف معافیت مالیاتی حقوق، مالیات پزشکان،تفکیک حساب های شخصی و تجاری،حذف یارانه نقدی پردرآمدها و شفافیت پرداختی دستگاه‌ها برای خزانه داشت.
