آیت الله هاشمی شاهرودی از سوی رهبر انقلاب در مناصب مهم علمی، حاکمیتی منصوب شدند. حل اختلاف میان قوا یکی از مناصبی بود که از بدو تاسیس بر عهده ایشان گذاشته شده بود.