چند تن از مراجع از جمله آیت الله صافی گلپایگانی و آیت الله وحیدخراسانی حتی به ایشان اجازه دیدار ندادند و اینگونه نارضایتی خود از ایشان و یا حتی رویکردهای دولت را نشان داده اند.
محمدعلی نجفی در حالی به عنوان سرپرست وزارت علوم معرفی شد که هم فاقد صلاحیت وزارت از سوی مجلس تشخیص داده شده بود و هم به خاطر بیماری از سازمان میراث فرهنگی و گردشگری استعفا کرده بود.