فخرالدین دانش آشتیانی از سال ۷۶ تا ۸۲ در دوران وزارت مصطفی معین در وزارت علوم، معاون او بوده است.

در نقل قول عجیبی که در کتاب «دفتر دانش، تاریخ شفاهی آموزش عالی ایران به روایت دکتر مصطفی معین» از دانش آشتیانی منتشر شده، آمده است:

”طرح ما این بود که بسیج در همان پایگاه‌های خارج از دانشگاه بماند و اگر دانشجویی تمایل به حضور داشت برود و در همان مناطق ثبت‌نام کند، ما هم همکاری می‌کنیم و فرم‌های عضویت را از طریق نهادهای فرهنگی داخل دانشگاه به افراد علاقه‌مند می‌رسانیم. آنها مخالفت می‌کردند و ما نیز تبعات حضور بسیج در دانشگاه را ‌یادآوری می‌کردیم. یادم می‌آید که آقای‌ هاشمی هم تقریباً نظر ما را داشت. در نهایت رأی‌گیری شد و نظر ما تأیید شد. از جلسه که بیرون آمدیم، آن دوستان به من گفتند که شما خیانت بزرگی به دانشگاه‌ها کردید.”